Ground Control II é um jogo de estratégia em tempo real localizado em um escuro e sombrio futuro. Com o foco em táticas e ações intensas você é desafiado a controlar seus soldados em batalha de forma efetiva.
Os campos de batalha são todos em perspectiva 3D, com cenários de florestas e selvas que permitem que os soldados se movam sem serem percebidos. Alterações climáticas e efeitos visuais mudam a performance de suas unidades nos campos de batalha.
No papel do capitão Jacob Angelus você comandará exércitos em meio a pressão da Northern Star Alliance ou os reclusos navegadores Viron Nomads. As duas facções distintas possuem um arsenal completo de unidades, incluindo infantaria, tanques e mais. Força e sonhecimento são essenciais para que você vença esta missão.
A história começa em 2741 em um distante planeta conhecido como Morningstar Prime, um mundo que começou a ser colonizado durante o século XXIV pela coorporação Crayven, da Terra. Morningstar Prime é apenas um de centenas de planetas descobertos durante o advento da Terceira Guerra Mundial. Este planeta lembra a Terra em vários aspectos, porém com uma fauna e flora diferenciada.
A guerra entre o império humanos e Morningstar fez com que este dissolve-se seus 12 estados e se tornassem uma única unidade sobre a liderança do Northern Star Alliance.